Les ARN messagers des eucaryotes présentent les caractéristiques suivantes :

1. Ils présentent une « capsule » 5'- 7 méthyl – GTP et une queue poly (A).

2. Ils possèdent des régions non traductibles situées entre des côtés 5' et 3' et allant de 40 à 150 bases.

3. Ils possèdent un codon d'initiation AUG situé du côté 5' de la translation (Fig. 17).

La capsule va permettre la fixation des ARN messagers au niveau du ribosome et va augmenter la stabilité de ces ARNm en les protégeant de toute dégradation provoquée par les 5' exonucléases.

La queue poly (A) semble augmenter la stabilité et l'efficacité de la translation des ARN messagers.

L'initiation de la chaîne peptidique nécessite la présence des facteurs d'initiation eucaryotiques, eIF. L'eIF facilite la fixation de l'ARN messager sur le ribosome.

L'initiation démarre par la formation d'un complexe ternaire entre eIF-2, GTP et la met-t-ARN (ARN qui porte uniquement la Met).

Ce complexe ternaire se fixe sur la sous-unité ribosomale 40S en présence du eIF-3, donnant ainsi un complexe de pré initiation 40S.

Le complexe de pré initiation se transforme en un complexe 40S d'initiation en présence d'ATP et de l'eIF-4.

L'unité 40S est ensuite orientée vers le codon AUG, site de démarrage de la translation.

L'eIF5 va ensuite faciliter l'hydrolyse du GTP et la libération des eIF-2 et eIF-3.

L'hydrolyse du GTP est nécessaire pour la libération des eIF-2 et 3 et la fixation sur l'unité ribosomale 60S en présence de l'eIF-6.

Un changement de conformation a lieu suite à l'énergie libérée par l'hydrolyse du GTP.

La fixation sur le 60S est une étape intermédiaire pour une fixation sur l'unité 80S où nous obtenons un complexe d'initiation 80S qui sera le site du démarrage du cycle d'élongation de la chaîne peptidique.